Mengacu pada visi dan misi sekolah serta tujuan umum pendidikan nasional, tujuan pendidikan pada SMP Negeri 3 Sekotong adalah pada tahun 2011 SMP Negeri 3 Sekotong telah mewujudkan hal-hal berikut.
- Melaksanakan PAIKEM pada semua mata pelajaran;
- Tiap kelas memiliki taman, baik di depan kelas maupun di tempat tertentu;
- Tiap kelas dan lobi sekolah terdapat pajangan karya siswa;
- Setiap kelas melaksanakan membaca senyap dan menulis harian sebelum pelajarani;
- Tingkat ketidakhadiran siswa, guru, dan tata usaha menurun 3 % per tahun.
- Prestasi siswa meningkat 10 % , baik akademik maupun nonakademik.
- Sebelum masuk kelas, seluruh siswa diberikan kultum.
- Membaca Al Qur'an sebelum pelajaran dimulai.
- Memberikan kursus-keterampilan bagi siswa.
- Kualifikasi akademik seluruh guru adalah S-1.
- Memprioritaskan sarana & prasarana pendukung akademik dan nonakademik.
- KKM seluruh mata pelajaran IPS adalah 80 dan MIPA adalah 75.
- Tingkat kelulusan 100% pada Ujian Akhir Nasional (UAN).